Estonia położona jest we wschodnio-północnej części Europy, nad morzem Bałtyckim. Teren raczej nizinny o średniej wysokości do 50 m. Najwyższy punktem państwa jest Suur Munamägi (318 metrów n.p.m).

Estonia leży w strefie klimat umiarkowanego, przejściowego z morskiego w kontynentalny. Najniższą temperaturę odnotowuje się w lutym, około –6 st. C. Najcieplejszym miesiącem w roku jest lipiec, temperatura wynosi wówczas około 17 st. C. Roczna suma opadów waha się w granicach 600-700 mm.

Estonia jest krajem o rozwiniętej sieci rzecznej. Główne rzeki występują w południowych obszarach państwa: Narwa, Ema, Parnawa. Około 5% powierzchni kraju zajmują jezioro, jest ich ponad 1000, największe to Pejpus. Estonia ma niskie stopni lesistości, ok. 18% powierzchni kraju, są to przede wszystkim lasy mieszane.