Honduras leży w Ameryce Środkowej. Państwo znajduje się dokładnie pomiędzy Oceanem Spokojnym, a Morzem Karaibskim. Zachodnią granicę dzieli z Gwatemalą, południowo-wschodnią z Nikaraguą, a południowo-zachodnią z Salwadorem.

Honduras jest krajem górzysto-wyżynnym, przy czym tereny górzyste zajmują niemal 80% jego powierzchni. Obejmują one obszary od Zatoki Fonseca nad Oceanem Spokojnym aż po wybrzeża Zatoki Honduraskiej nad Morzem Karaibskim. Równiny zajmują niewielkie tereny u wybrzeży Oceanu, a środek kraju zajmują pasma gór pochodzenia wulkanicznego. Najwyższym z takich szczytów jest Carro Las Minas.

Nad Oceanem Spokojnym panuje klimat równikowy wilgotny, co wpływa na rodzaj przyrody na terenie kraju. Na terenach nizinnych nad Morzem Karaibskim rośnie las tropikalny, wyżej dominują sawanny i wilgotne lasy górskie. Z kolei busz i sawanny ze sporą ilością ciernistych krzaków porastają osłonięte kotliny. Suche lasy występują na terenach równinnych, położonych u wybrzeży Oceanu Atlantyckiego. Na terenie kraju zaobserwujemy zarówno jaguary, pumy, jak i niedźwiedzie. Z kolei w lasach tropikalnych znajdziemy nawet krokodyle, jaszczurki i węże, a także liczne odmiany owadów.